游戏的主人公浮士德，不仅是一位炼金术士还是一名父亲，可当他醒来时竟发现自己的女儿莫名离世。突入而来的丧女之痛让他几乎癫狂，因此他开始踏上拯救女儿的道路：他创造出各种合成女儿并与她们建立联系，然后再将其杀害收割培养的灵魂……

然而，现在这条残忍血腥的道路已不再单单由合成女儿的尸体所铺就。在《献祭的儿子》中，你可以创造出各种合成儿子，他们也将听命于你，并最终为你牺牲，从而走向合成女儿们一样的结局。你将再一次面对内心的拷问：为了让女儿死而复生，你是否愿意不顾一切?